При переходе на архивирование в Exchange появились две проблемы (кроме очевидного отсуствия возможности тереть сообщения из архива, хотя....): удалить заглушки, оставленные системой архивации, и автоматически удалять из архива сообщения старше 5 лет
По поводу заглушек. В Exchange 2007 можно было производить поиск сообщений по их классу, в 2010 и 2013 данную возможность убрали. Задачу можно решить достаточно просто с использованием EWS (просто - если уже знаешь как или делал подобно хотя бы один раз, когда я первый раз искал информацию её было очень мало).